新冠肺炎疫情发生以来，上海海关依法科学采取严格的口岸防控措施，内防输出、外防输入，坚决遏制疫情通过口岸传播扩散。
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全面开展疫情监测和风险评估。加强大数据分析应用，积极开展与民航、移民局、电信服务商等部门的信息集成与共享，开展预警布控和信息交互。
2月26日，上海海关关员在登临重点航班前，提前与航司商务沟通开舱前注意事项。
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全面加强对来自疫情严重国家和地区的交通工具卫生检疫。督促交通工具运营者严格落实交通工具隔离区域设置、异常情况报告、检疫广播宣传等措施。对报告载有可疑病例，或健康申报有传染病症状人员的交通工具，严格实施登临检疫。
2月26日，上海海关关员登临来自重点地区的航班。
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全面执行100%健康申报制度。严格100%查验健康申明卡，在浦东、虹桥两大空港口岸全面实现《健康申明卡》纸质与电子两种方式并行申报，创新推出空港进出境旅客“三核一放”措施，做到健康申明卡一份不缺少。
2月27日，上海海关关员登临后认真审核旅客健康申报信息。
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全面落实“三查三排一转运”工作。严格100%查验健康申报、开展体温筛查、实施医学巡查；在检疫排查环节落实“三排”，严格实施流行病学排查、医学排查、实验室检测排查；在检疫处置环节落实“一转运”，对疑似病例一律按照联防联控机制转运地方卫生健康部门妥善处置。
2月27日，上海海关关员对来自重点地区旅客开展流行病学调查。
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全面强化联防联控机制。主动与地方政府健全信息共享机制，打通信息交流渠道，共享数据资源等。提供相关信息，共同做好口岸防输入，实现入境旅客行程可追溯、流向可追踪。
2月27日，上海海关参加上海市新冠肺炎疫情防控新闻发布会。
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全面提升口岸技术保障。加强口岸技术保障力量。增加血细胞检测能力和增配负压隔离单元，严格做到在移交转运前的单独隔离。全力保障体温监测和视频监控等设备准确有效、记录保存完整，确保各项检疫信息可追溯。
2月28日，上海海关关员对染疫嫌疑航空器实施检疫处理。